Durée : Stage - 6 mois
Début : Disponible
Lieu : Villejuif (94)
Télétravail :
Profil : Ingénieur.e
Industriel d’Accueil / Laboratoire D’Accueil
INSERM U1287, Hématopoïèse et vieillissement, Gustave Roussy
THEMATHIQUE DE LA RECHERCHE :
Analyse bioinformatique de données omiques à l’échelle unicellulaire
PROJET :
Notre équipe travaille sur l’hématopoïèse et son dérèglement lors d’infections (COVID-19) ou d’affections malignes du système hématopoïétique (leucémie myélomonocytaire chronique). Nous générons des données d’analyse génomique et épigénétique, à l’échelle multicellulaire ou unicellulaire : mutants génétiques, altérations épigénétiques, expression des gènes. Notre objectif est de déchiffrer le rôle de médiateurs solubles dans le dérèglement de la cellule souche et progénitrice hématopoïétique. Les médiateurs sur lesquels nous concentrons nos efforts sont la calprotectine (un hétérodimère d’alarmines S100A8/S100A9), IGFBP2 (produite notamment par des cellules de la niche médullaire) et CYTL1 (produite par les monocytes).
MISSIONS :
Le stage permettra de se familiariser avec l’analyse bioinformatique de données de génétique ou d’épigénétique, à l’échelle pluri ou unicellulaire. Le travail se fera au sein de l’unité INSERM U1287 à Gustave Roussy. La partie biologique est pilotée par Eric Solary, l’analyse bioinformatique par Lucie Laplane, en lien avec la plateforme de bioinformatique de Gustave Roussy (Marine Aglave). Le ou la candidate doit avoir de bonnes bases de codage sur R, idéalement des bases solides en statistiques et mathématiques. De nombreux outils sont disponibles pour les différentes étapes de l’analyse à l’échelle unicellulaire (contrôles qualité, normalisation, intégration, analyses différentielles, analyse de pathway, analyses de trajectoires). Leurs performances varient en fonction du contexte et de la nature des données. Les objectifs du stage seront de (1) comprendre les biais, conditions d’application et avantages des différents outils à travers la lecture des articles clés associés à ces outils, et (2) de tester leurs performances respectives dans le contexte du projet scientifique mentionné.
DUREE DU STAGE : 6 mois
FINANCEMENT : Stagiaire,
POSSIBILITE D’EMBAUCHE : Offre régulière de postes d’ingénieurs formés à la bioinformatique dans les équipes de recherche de Gustave Roussy ou sur la plateforme ad hoc.
NOM DE L’ENCADRANT : Eric Solary, Lucie Laplane
Contact pour plus d’informations
Eric Solary – 01 42 11 67 26
